Nato in Svizzera, a Leuk, Franz entrò nella Lutwaffe nel 1936 e fu promosso tenente nel 1938. All'inizio della Seconda guerra mondiale serviva nello Jagdgeschwader 3; durante la campagna di Francia divenne aiutante di campo del Gruppe II, sempre JG 3, e gli venne tributato dalla stampa un servizio fotografico con il suo aereo e la mascotte dell'unità, il leoncino Simba.
Werra rivendicò le sue prime quattro vittorie nel Maggio 1940, un Hawker Hurricane giorno 20, due bombardieri Brequet 690 e un Potez 630 presso Cambrai il 22. In una sortita il 25 Agosto durante la battaglia d'Inghilterra, nella fase detta "l'offensiva degli aeroporti" durante la quale la Lutwaffe pensò di poter distruggere le infrastrutture nemiche, reclamò le vittoria su uno Spitfire e tre Hurricanes ad ovest di Rochester, nonché di cinque aerei al suolo.
Il modello presenta sul timone proprio questa situazione, con le otto vittorie segnate da otto tacche lunghe e le cinque distruzioni al suolo segnate come tacche più piccole.
Il 5 Settembre 1940 il suo Bf 109 E-4 (W.Nr. 1480) fu abbattuto sul Kent da un pilota non noto con certezza (storicamente, Gerald "Stapme" Stapleton del No. 603 Squadron RAF, su Spitfire) e Werra fu preso in consegna da un disarmato cuoco di una vicina unità dell'esercito.
Internato in un campo di prigionia del Lake District, dieci giorni dopo l'internamento riuscì a fuggire dal campo e venne ripreso dopo tre giorni. Anche dal nuovo campo al quale fu assegnato riuscì a fuggire scavando una galleria sotto il recinto. Tornato libero, si fece passare come pilota olandese della Royal Air Force e, raggiunto un aeroporto, cercò di rubare un aereo Hurricane. Venne scoperto in tempo e fu deciso il suo trasferimento in un campo di prigionia in Canada. Anche da qui riuscì a fuggire, e dopo aver attraversato il congelato fiume San Lorenzo, Werra giunse ad Ogdensburg, New York, arrivando parecchi mesi prima che gli Stati Uniti entrassero in guerra, e si consegnò alla polizia. Le autorità per immigrazione lo arrestarono con l'accusa di essere entrato illegalmente nel paese, ma Werra contattò il console tedesco locale, che pagò la sua cauzione. Mentre gli Stati Uniti e le autorità canadesi stavano negoziando la sua estradizione, il viceconsole tedesco lo ha aiutò a passare il confine con il Messico. Werra fece tappa a Rio de Janeiro, Brasile, Barcellona, Spagna e Roma, Italia. Finalmente arrivò di nuovo in Germania il 18 aprile 1941.
Divenuto un eroe, Hitler gli consegnò la Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes (
Passò ad istruire sulle tecniche di interrogatorio dei prigionieri, basandosi su quanto gli era accaduto. Sembra che il suo racconto sulle buone maniere degli alleati convinse il comando tedesco a migliorare il trattamento dei prigionieri alleati. Scrisse quindi un libro, rimasto inedito, "La mia fuga dall'Inghilterra".
Werra fu rimesso in servizio attivo al fronte russo come Gruppenkommandeur del I./JG 53. Ha ottenuto altre 13 vittorie aeree nel mese di luglio 1941, alzando il totale confermato a 21. Ai primi di agosto 1941, I. / JG 53 si ritirò in Germania per riequipaggiarsi con il nuovo Bf 109F-4, dopo di che si trasferì a Katwijk nei Paesi Bassi.
Passò poi alla difesa costiera nei Paesi Bassi e qui, durante un volo di ricognizione, il suo aereo (Bf 109F-4 Number 7285) ebbe problemi al motore e precipitò in mare, presso Vlissingen, il 25 ottobre 1941. Il suo corpo non verrà però mai più ritrovato.
La storia del pilota tedesco ha dato lo spunto ad un film di successo: The One That Got Away (in Italia Sfida agli inglesi ), nel 1957.
IL FILM È SU YOUTUBE, BASTA CERCARE "The One That Got Away 1957"